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美里和赤木，带着日本部剩下的工作人员，残破的二号机，和被封印的明日香，离开了日本本部。
那时不完全的第三次冲击刚刚结束，世界各个国家对seele都很不满，对nerv更是当成了驱逐的对象。
所以他们这些前nerv的成员，自然不会受欢迎。
也只有吴浩明背后的势力，中国方面接受了他们，但是也有要求，就是他们需要在海中一个单独的岛上，并且被监视隔离起来。
这已经是最大限度的原谅了，要知道其他国家的nerv分部，几乎都被当地的军方当成叛国者给剿灭了。
而明日香，虽然细胞层面的侵蚀，已经消失了，但是封印却没有立刻解除。
毕竟精神污染的先例，很多人都见过。
那是根本无法恢复的，几乎会在心中留下永久无法抹去的阴影。
而且对明日香来说驾驶eva，几乎就是她能做的唯一的事了。
所以为了保护明日香，赤木并没有立刻解除她的封印。
直到不久之前，二号机的修复工作，开始进行。
从开始到现在二号机的驾驶员，就只有两个，明日香和真希波。
但是真希波那次，只是临时的罢了。
而且现在八号机也在建造过程中，真希波每天都需要配合八号机进行试验，也很累。
所以为了让二号机能够作为有生力量继续战斗，赤木唤醒了明日香。
刚刚醒来的时候，明日香整日处于脑中残留幻想的恐惧中。
那是使徒留在心中的阴影，怎么可能那么快消失。
吴浩明不断的开导，才使明日香渐渐恢复了过来。
如果自己没有那么轻易的把她留在nerv本部，或许她也就不会接触到莉莉丝了吗！
看着明日香因为兴奋，而略带潮红的小脸，吴浩明又不觉有些自责。
他驾驶k44号机体，去和六号机战斗之前，是把忘记了一切的明日香，留在了nerv日本部的。
却没想到莉莉丝感觉到初号机觉醒，而醒来的时候，将明日香吞入了体内。
幸好时间不长，及时的救了出来。
虽然和原著中不同，可是却同样受到了精神污染，结果相似。
所以为了隔离，也为了不进一步的对明日香造成伤害，她暂时被封印了。
第一个，被使徒污染后，能够活下来的人，明日香也是第一个能恢复的这么好，而且细胞层面的侵蚀，在离开莉莉丝体内消失了的。
莉莉丝，企图在初号机觉醒力量的呼唤下离开地下都市，但是却没想到最后被六号机以自身为力量而封印了。
