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做文献调研和文献综述，确定课题，开题报告
如抗感染免疫的分子机制
分子机制是网络式的，多层次，多变量：感染和免疫两个系统的对应，其分解的矩阵的低层次的对应运算，其整体的本征是我们的观测结果。
病因层次：病毒，细菌，自身调节系统的层次耦合失常
症状层次：发热，咳嗽，水肿……
信号调节层次：受体-配体结合，细胞因子，prr，tlr，
具体到角膜感染溃疡穿孔致盲
病理本质是溃疡坏死，这是一个耦合点，多原因可以导致，其也可以导致其他伴随变化
治疗：对因对症，本质上是网络的本征对应，使得整体的周期恢复正常
科学问题：免疫病理损害机制？（已知本征，反过来求网络，可以知道这是多形式的）
多层次的分解，如同傅里叶分析：细菌等等在机体的多阶段的产物，如抗生素，lps，dna，鞭毛素；位置的转移，协调的自身机制变化；受体的接口和运算
工作假设：各种通路（tlr，prr，toll），线性组合，矩阵运算(通路之间的概率网络的变化)
如treraf6信号通路，相对独立的通路的耦合势必造成一定的概率变化，这可以等价为逻辑通路的运算
反馈的形成是亚层的收敛半径的一个体现
研究：数据的统计，实验的验证
不同模块的形成和组合，从而形成更大的模块。根据中值定理，我们有信心该网络在某一层次是对应于现实世界的。重要的定义，即划定阈值
