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畑俊六气急败坏，不顾鬼子细菌战专家的劝阻，强行下令对西山展开细菌战。
鬼子驻扎在南京的是‘荣1644‘细菌部队，细菌战专家小泉高介坚决反对：一、作为秘密武器，应该在关键时刻对支那政府军使用，对付武穆军这种民团使用细菌武器是大材小用；二、西山距南京太近，容易祸及自身；三、冬季温度低，不利于发挥细菌战的效果。无奈畑俊六一意孤行，小泉高介只好使用在冬季勉强还有效果的鼠疫。
鬼子飞机从高空投下大量的老鼠，老鼠身上则带着感染鼠疫菌的跳蚤。一时间，死神笼罩了西山大地。
随着瘟疫的传播，病号大量涌入紫微医院和武穆军总医院。马青翰不愧是留过洋的医学专家，虽然他不是学传染病科的，但很快就确认是鼠疫流行。王紫微在德国见过德军防化兵，马上组织卫生队加强自我防护：一、勤洗手、洗脸、洗衣物，消毒，二、接触病人要戴橡胶手套，没有橡胶手套就用缴获的避孕套替代。
周二狗等人听说瘟疫流行，马上开会听取马青翰、王紫微等人的汇报和建议。
二人先陈述情况，后提建议：目前瘟疫为鼠疫，应该是前一阶段鬼子飞机空投的老鼠所致；应对方法：1、禁止人员不必要的流动，2、广泛宣传鼠疫的发病特征，警告人们隔离、不许接触鼠疫患者，3、积极寻找治疗鼠疫的特效药，4、查找各方面有关鼠疫的资料，寻找控制鼠疫的方案，5、紧急上报政府，加强戒备。
戴笠很快派人给周二狗送来资料：
鼠疫也叫做黑死病，是流行于野生啃齿动物的疾病，是由鼠疫耶尔森菌引起的自然疫源性疾病。鼠作为重要传染源，人类主要是通过鼠蚤为媒介，经人得皮肤传入引起腺鼠疫，经呼吸道传入发生肺鼠疫。临床表现为发热、严重毒血症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向。均可发展为败血症，传染性强，死亡率高，
在世界历史上,鼠疫曾发生三次大流行,死亡人数数以千万计。分别是发生在公元6世纪，14世纪，18世纪，14世纪大流行时波及中国。
应对方案：
一、控制和预防
1.管理传染源：灭鼠、灭蚤；监测和控制疫情；严格隔离病人；彻底消毒或焚烧病人分泌物与排泄物应；死于鼠疫者的尸体必须焚烧火化，火化病死的动物尸体。
2.切断传播途径：减少人与人、人与畜的接触，对疫区进行隔离，对易感染区域进行消毒
3.保护易感者：老年人、儿童、经期的妇女老年人、儿童、经期的妇女、医护人员应服用预防性抗菌药，尤其是医护人员应做好个人防护
二、救治
1、大量注射或口服消炎药
2、大量补充易吸收食物、盐分、水分。
马青翰、王紫微马上根据戴笠提供的资料调整部署：
1、马上编印防治鼠疫的常识、措施、制度等资料，组织人员诸村诸户的宣传、讲解，要求老百姓必须配合，否则全家枪毙。
2、制药厂全力生产灭鼠药、驱蚤药，免费发放给老百姓。
3、制修厂、装具厂全力生产捕鼠器，由部队组织安放，收集死鼠及其他野物进行火化。
4、不惜损坏设备，生产酒精的设备转为生产高浓度醋酸，由部队组织进行大面积喷洒消毒。
5、由部队控制、统计每村的疫情每天及时上报，控制人员流动，火化病死者遗体及动物尸体，对于不配合人员执行枪毙政策。
6、组织救护队，救护鼠疫患者。
正当武穆军被鬼子的细菌战搞得手忙脚乱时，救星到了，李景龙押运着从德国采购的物资到了，带来了大量磺胺类消炎药。李景龙之所以在上岸后如此顺利，全靠主管全国交通的戴笠支持。
经过一个多月的努力，武穆军终于将疫情控制住，但损失惨重：死亡救护人员及士兵117人，枪毙不配合老百姓34户，171人，宰杀病畜1597头，病死24797人，生产酒精的设备还在勉强运行生产醋酸，但注定全部报废，而且疫情只是控制住势头，死亡人数减少，但死亡情况还是每天都有。
随着疫情减轻，周二狗等人才放下心来。
周二狗看到瘟疫情况控制效果比较理想，就命令马青翰总结材料，上报给戴笠，让国军对鬼子的细菌战有所准备。
周二狗将师记伦、赵大虎、向青云、欧阳城、柳毛儿、李金山、陆敖、万子雄等人开了一个小会，讨论如何对鬼子进行报复。
万子雄抢先发言：“他妈的，鬼子跟咱们玩儿细菌战，咱们就死在他们家炕头上去，我带着患病的弟兄们和鬼子干上一仗，拉鬼子垫背！”
“扯淡！咱们不能让患病的弟兄去送死！再说了，患病的弟兄还没看见鬼子就死半路上了怎么办？”师记伦呵斥万子雄，他们是一起从江湖到战火滚过来的，不用留面子。
“有道理！”欧阳城一反常态的支持万子雄，正规军出身的欧阳
城和这几个**出身的首领平时总是想不到一块儿，虽然他挺佩服这些人精，但总跟不上他们的思路。
“怎么讲？”好几个人异口同声。
“兔子也是啮齿动物，也可以传染鼠疫！”欧阳城解释。
“怎么回事？”众人听不懂什么叫“啮齿动物”。
“兔子和老鼠是近亲，都可以传播鼠疫。咱们找些病死的老鼠，传染给兔子，再让兔子传染给鬼子！”欧阳城只好打比方，好让众首领明白。
“可是怎么把兔子送到鬼子那儿去？我可不想因为这个再传染上一批弟兄！”周二狗表态，赵大虎、向青云等人一起赞同。
“我是没办法，但是马青翰、王紫微他们应该有办法，还有武大郎他们马戏团说不定也有办法。”
“马上去叫！”周二狗、师记伦、赵大虎、向青云四口同声。
